Se supone que en 1540 la Basílica Metropolitana, Primada de América, había sido ya totalmente levantada.  Según el; arquitecto Eugenio Pérez Montás entre los años de 1520 y 1535 y en medio de numerosas contradicciones, el edificio fue eregido.

La iglesia Catedral de Santo Domingo representa una Joya desde todo punto de vista, y fue el arzobispo Alessandro Geraldini el mayor promotor de la obra, en la cual trabajaron los arquitectos Luis de Moya y Rodrigo de Liendo. La fachada oeste de la Catedral debe considerarse como una de los arquetipos de la arquitectura americana.

   Frente al occidente, en un atrio con almenas rematadas en puntas, las hornacinas con figuras de santos son un elemento vivo de la misma. En todo sentido renacentista, pero con gran influencia gótica en sus nervaduras interiores, la Catedral es un poema forjado en la mejor piedra en el mejor sistema de cantería. La longitud de su nave central es de 54 metros y el ancho de las tres naves es  de  23,  alcanzando una altura de nivel de piso a bóveda, de unos 16 metros, con un área de construcción  de tres mil metros cuadrados. Las puertas del Siglo XVIII son de caoba dominicana. 

   Catorce capillas laterales construidas en épocas diversas flanquean el centro de la nave principal.  Los monumentos sepulcrales ubicados en el  interior de la Catedral son realmente Obras de Arte, tal y como lo revelan la tumba del Obispo Rodrigo de Bastidas y la de Alejandro Geraldini, iniciador de la obra.  la tumba de Bastidas es gótica adaptada al gusto renacentista, según Walter Palm. Esa mezcla de conceptos góticos y renacentistas, son un elegante contrapunto en el tránsito de estas ideas estéticas aún en lucha en la España del siglo XVI.

   La portada oeste de la Catedral, con su cantería amarilla solar, sus dobles arcadas y hornacidas, sólo se repite en algo en las líneas de la Catedral de México, sin embargo este encaje que se mueve con las luces de occidente no se encuientraen ninguna otra de las catedrales creadas por España en América.

   Sin dudas que la Santa Iglesia Basílica Catedral de Santa María de la Encarnación, debe considerarse como una joya sin precedentes en tierra del llamado Nuevo Mundo.